Bioimage Analysis Intutions

import%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.14.16%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(width%3D%22medium%22)%0A%0Awith%20app.setup%3A%0A%20%20%20%20%23%20Initialization%20code%20that%20runs%20before%20all%20other%20cells%0A%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%0A%20%20%20%20__generated_with%20%3D%20%220.13.11%22%0A%0A%20%20%20%20with%20mo.status.spinner(title%3D%22Installing%20and%20importing%20packages%22)%20as%20_spinner%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20import%20os%0A%20%20%20%20%20%20%20%20import%20numpy%0A%20%20%20%20%20%20%20%20import%20skimage%0A%20%20%20%20%20%20%20%20import%20wigglystuff%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_spinner.update()%0A%0A%0A%40app.class_definition(hide_code%3DTrue)%0Aclass%20ProcessedImage%3A%0A%20%20%20%20def%20__init__(self%2Cim%2Cgt%3DFalse)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20self.raw%20%3D%20im%0A%20%20%20%20%20%20%20%20self.im%20%3D%20im%0A%20%20%20%20%20%20%20%20self.gt%20%3D%20gt%0A%20%20%20%20%20%20%20%20self.disp_image%20%3D%20False%0A%20%20%20%20%20%20%20%20self.cache%20%3D%20%7B%7D%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20self.named_cache%20%3D%20%7B%7D%0A%0A%20%20%20%20def%20return_raw(self)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20self.raw%0A%0A%20%20%20%20def%20im(self)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20self.im%0A%0A%20%20%20%20def%20blur(self%2Cdiam%3DFalse)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20diam%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20diam%20%3D%2010%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20skimage.filters.gaussian(self.im%2Csigma%3Ddiam)%0A%0A%20%20%20%20def%20roll_ball(self%2Cdiam%3DFalse)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20diam%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20diam%20%3D%20100%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20self.im-(skimage.restoration.rolling_ball(self.im%2Cradius%3Ddiam%2F2))%0A%0A%20%20%20%20def%20power_transform(self%2Cexp_to_use%3DFalse)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20import%20numpy%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20exp_to_use%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20exp_to_use%3D1%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20exp_to_use%20%3C1%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20im%20%3D%20numpy.where(self.im%3D%3D0%2C0.00000001%2Cself.im)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20im%20%3D%20self.im%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20im**(exp_to_use)%0A%0A%20%20%20%20def%20invert(self)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20skimage.util.invert(self.im)%0A%0A%20%20%20%20def%20sato(self%2Csigma%3DFalse)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20sigma%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sigmas%20%3D%20range(3%2C8%2C1)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sigmas%20%3D%20range(int(sigma)-2%2Cint(sigma)%2B3%2C1)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20skimage.filters.sato(self.im%2Csigmas%3Dsigmas%2Cblack_ridges%3DFalse)%0A%0A%20%20%20%20def%20texture_transform(self%2Csigma%3DFalse)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20sigma%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sigma%20%3D%205%0A%20%20%20%20%20%20%20%20img_mean%20%3D%20skimage.filters.gaussian(self.im%2C%20sigma%2C%20mode%3D%22constant%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20img_squared%20%3D%20%20skimage.filters.gaussian(self.im%20**%202%2C%20sigma%2C%20mode%3D%22constant%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20img_squared%20-%20img_mean%20**%202%0A%0A%20%20%20%20def%20tophat(self%2Cdiam%3DFalse)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20diam%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20diam%20%3D%205%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20skimage.morphology.white_tophat(self.im%2Cfootprint%3Dskimage.morphology.disk(diam%2F2))%0A%0A%20%20%20%20def%20set_named_cache(self%2C%20name)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23Probably%20do%20a%20check%20that%20the%20name%20isn't%20%22current%22%20(if%20we%20don't%20want%20user%20to%20have%20to%20save%20all%20things%20going%20to%20math)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23Could%20also%20maybe%20use%20it%20if%20we%20want%20to%20be%20able%20to%20add%20custom%20intermediates%20to%20the%20display%20box%20-%20will%20ponder%20when%20we%20get%20there%0A%20%20%20%20%20%20%20%20self.named_cache%5Bname%5D%20%3D%20self.im%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20self.im%0A%0A%20%20%20%20def%20get_named_image(self%2Cname)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20name.lower()%20%3D%3D%20'%22current%22'%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20self.im%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20name%20not%20in%20self.named_cache.keys()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20print(f%22You%20have%20an%20undefined%20name%20in%20your%20list%3B%20%7Bname%7D%20cannot%20be%20easily%20mapped%20to%20any%20of%20the%20following%3A%20%7B%22%2C%20%22.join(self.named_cache.keys())%7D.%20Please%20check%20spelling%20and%20try%20again%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20self.named_cache%5Bname%5D%0A%0A%20%20%20%20def%20subtract(self%2Cim1name%2Cval_or_im2name)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20type(val_or_im2name)%20!%3D%20float%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20val_or_im2name%20%3D%20self.get_named_image(val_or_im2name)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20self.get_named_image(im1name)%20-%20val_or_im2name%0A%0A%20%20%20%20def%20add(self%2Cim1name%2Cval_or_im2name)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pass%0A%0A%20%20%20%20def%20divide(self%2Cim1name%2Cval_or_im2name)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pass%0A%0A%20%20%20%20def%20multiply(self%2Cim1name%2Cval_or_im2name)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pass%0A%0A%20%20%20%20def%20clip(self)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pass%0A%0A%20%20%20%20def%20label(self)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pass%0A%0A%20%20%20%20def%20measure(self)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pass%0A%0A%20%20%20%20def%20score(self)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pass%0A%0A%20%20%20%20def%20distance_tranform(self)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pass%0A%0A%20%20%20%20def%20fill_holes(self%2Cdiam%3DFalse)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pass%0A%0A%20%20%20%20def%20erode(self%2Cdiam%3DFalse)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pass%0A%0A%20%20%20%20def%20dilate(self%2Cdiam%3DFalse)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pass%0A%0A%20%20%20%20def%20open(self%2Cdiam%3DFalse)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pass%0A%0A%20%20%20%20def%20close(self%2Cdiam%3DFalse)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pass%0A%0A%20%20%20%20def%20test_for_numeric(self%2Cparam)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23This%20is%20gross%20but%20isnumeric%20barfs%20on%20decimals%2C%20which%20is%20insane%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20float(param.strip())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20param.strip()%0A%0A%20%20%20%20def%20parse_vals(self%2Cvalue_list)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20self.im%20%3D%20self.raw%0A%20%20%20%20%20%20%20%20current_processing_state%3D%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20defined_funcs%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'blur'%3Aself.blur%2C%20'rollingball'%3Aself.roll_ball%2C%20'powertransform'%3Aself.power_transform%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'invert'%3Aself.invert%2C%20'tophat'%3Aself.tophat%2C%20'ridge'%3Aself.sato%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'savelaststepas'%3Aself.set_named_cache%2C%20'subtract'%3Aself.subtract%2C%20'raw'%3Aself.return_raw%2C%20'texturetransform'%3Aself.texture_transform%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20val%20in%20value_list%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20%22(%22%20in%20val%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20userfunc%2C%20userargstring%20%3D%20val.split(%22(%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20userargs%3D%20%5Bself.test_for_numeric(x)%20for%20x%20in%20userargstring.split(%22)%22)%5B0%5D.split(%22%2C%22)%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20userfunc%3Dval%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20userargs%3DFalse%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20parseduserfunc%20%3D%20userfunc.lower().replace(%22%20%22%2C%22%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20parseduserfunc%20not%20in%20defined_funcs.keys()%3A%20%23TODO%20later%3A%20fuzzy%20matching%20(but%20this%20is%20fine%20for%20now)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20print(f%22You%20have%20an%20undefined%20function%20in%20your%20list%3B%20%7Buserfunc%7D%20cannot%20be%20easily%20mapped%20to%20any%20of%20the%20following%3A%20%7B%22%2C%20%22.join(defined_funcs.keys())%7D.%20Please%20check%20spelling%20and%20try%20again%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return(self.im)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20func%20%3D%20defined_funcs%5Bparseduserfunc%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20userargs%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20current_processing_state%2B%3Df%22%7Bparseduserfunc%7D%3B%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20current_processing_state%20not%20in%20self.cache.keys()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20self.im%20%3D%20func()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20self.cache%5Bcurrent_processing_state%5D%20%3D%20self.im%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20self.im%20%3D%20self.cache%5Bcurrent_processing_state%5D%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20current_processing_state%2B%3Df%22%7Bparseduserfunc%7D(%7B'%2C'.join(%5Bstr(x)%20for%20x%20in%20userargs%5D)%7D)%3B%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20current_processing_state%20not%20in%20self.cache.keys()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20self.im%20%3D%20func(*userargs)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20self.cache%5Bcurrent_processing_state%5D%20%3D%20self.im%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20self.im%20%3D%20self.cache%5Bcurrent_processing_state%5D%20%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20self.im%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23Lesson%201%20-%20Filters%20of%20Many%20Flavors%20(Making%20sure%20the%20thing%20I%20care%20about%20is%20bright%2C%20and%20everything%20else%20is%20dark)%0A%20%20%20%20%23%23%20Let's%20Start%20With%20A%20Raw%20Image%0A%0A%20%20%20%20All%20these%20images%20come%20from%20the%20%60skimage.data%60%20library%20-%20see%20that%20library%20for%20more%20information%20on%20any%20image!%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20def%20load_image(imdesc)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20data_dir%20%3D%20%22public%2Fdata%2F%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20loaded_image%20%3D%20skimage.io.imread(os.path.join(mo.notebook_location()%2C%20data_dir%2Cimdesc%5B%22name%22%5D))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20imdesc%5B%223D_slice%22%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20loaded_image%20%3D%20skimage.util.img_as_float(loaded_image%5Bimdesc%5B%223D_slice%22%5D%2C%3A%2C%3A%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20imdesc%5B%22hist_deconvolve%22%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20loaded_image%20%3D%20skimage.color.rgb2hed(loaded_image)%5B%3A%2C%3A%2C2%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20loaded_image%20%3D%20skimage.util.img_as_float(skimage.exposure.rescale_intensity(loaded_image%2C%20in_range%20%3D%20(0%2C%20numpy.percentile(loaded_image%2C99))))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20imdesc%5B%224D%22%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20loaded_image%20%3D%20skimage.util.img_as_float(loaded_image%5B14%2C1%2C%3A%2C%3A%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20imdesc%5B%22orig_color%22%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20loaded_image%20%3D%20skimage.util.img_as_float(skimage.color.rgb2gray(loaded_image))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20loaded_image%0A%0A%20%20%20%20test_images%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Brain%20Slice%22%3A%7B%22name%22%3A%22brain.tiff%22%2C%22orig_color%22%3AFalse%2C%22hist_deconvolve%22%3AFalse%2C%223D_slice%22%3A5%2C%20%224D%22%3AFalse%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Bricks%22%3A%7B%22name%22%3A%22brick.png%22%2C%22orig_color%22%3AFalse%2C%22hist_deconvolve%22%3AFalse%2C%223D_slice%22%3AFalse%2C%20%224D%22%3AFalse%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Hubble%20Deep%20Field%22%3A%7B%22name%22%3A%22hubble_deep_field.jpg%22%2C%22orig_color%22%3ATrue%2C%22hist_deconvolve%22%3AFalse%2C%223D_slice%22%3AFalse%2C%20%224D%22%3AFalse%7D%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Human%20Nuclei%22%3A%7B%22name%22%3A%22mitosis.tif%22%2C%22orig_color%22%3AFalse%2C%22hist_deconvolve%22%3AFalse%2C%223D_slice%22%3AFalse%2C%20%224D%22%3AFalse%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Kidney%20Cells%22%3A%20%7B%22name%22%3A%22ihc.png%22%2C%22orig_color%22%3AFalse%2C%22hist_deconvolve%22%3ATrue%2C%223D_slice%22%3AFalse%2C%20%224D%22%3AFalse%7D%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Moon%20Surface%22%3A%7B%22name%22%3A%22moon.png%22%2C%22orig_color%22%3AFalse%2C%22hist_deconvolve%22%3AFalse%2C%223D_slice%22%3AFalse%2C%20%224D%22%3AFalse%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Nuclear%20Envelope%22%3A%20%7B%22name%22%3A%22protein_transport.tif%22%2C%22orig_color%22%3AFalse%2C%22hist_deconvolve%22%3AFalse%2C%223D_slice%22%3AFalse%2C%20%224D%22%3ATrue%7D%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Pompeii%20Coins%22%3A%7B%22name%22%3A%22coins.png%22%2C%22orig_color%22%3AFalse%2C%22hist_deconvolve%22%3AFalse%2C%223D_slice%22%3AFalse%2C%20%224D%22%3AFalse%7D%2C%0A%0A%0A%20%20%20%20%7D%0A%0A%20%20%20%20im_choice%20%3D%20mo.ui.dropdown(label%3D%22Pick%20an%20image%20to%20use%20(if%20nothing%20shows%20up%20at%20first%2C%20just%20select%20any%20option%22%2Coptions%3Dtest_images.keys()%2Cvalue%3D%22Human%20Nuclei%22)%0A%20%20%20%20im_choice%0A%20%20%20%20return%20im_choice%2C%20load_image%2C%20test_images%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(im_choice%2C%20load_image%2C%20test_images)%3A%0A%20%20%20%20image%20%3D%20load_image(test_images%5Bim_choice.value%5D)%0A%20%20%20%20processed_image%20%3D%20ProcessedImage(image)%0A%20%20%20%20mo.image(processed_image.raw)%0A%20%20%20%20return%20(processed_image%2C)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20What%20shall%20we%20do%20to%20it%3F%0A%0A%20%20%20%20Pass%20one%20or%20more%20implemented%20operations%20into%20the%20list%20(_try%20literally%20cutting%20and%20pasting%20them!_)%2C%20and%20see%20how%20your%20output%20image%20changes!%20%0A%0A%20%20%20%20Some%20operations%20may%20be%20slow%20(especially%20if%20you%20make%20them%20very%20different%20than%20the%20listed%20default%20value)%3B%20you%20must%20wait%20for%20the%20current%20process%20to%20be%20finish%20to%20adjust%20options%20in%20the%20list%2C%20and%20the%20whole%20pipeline%20runs%20every%20time.%20This%20is%20somewhat%20accelerated%20by%20caching%20all%20the%20intermediates%3B%20future%20improvements%20may%20be%20to%20turn%20caching%20off%20(or%20limit%20cache%20length%20or%20have%20a%20%22clear%20cache%20button%22)%20and%20the%20ability%20to%20turn%20on-the-fly%20processing%20on%20and%20off%2C%20author%20time%20permitting.%0A%0A%20%20%20%20Currently%20implemented%20operations%20are%20listed%20below%20-%20some%20contain%20optional%20parameters%20that%20you%20may%20(or%20may%20not)%20wish%20to%20play%20with.%20IE%20for%20%60Blur%60%2C%20you%20can%20pass%20%60Blur%20(20)%60%20or%20%60Blur(2)%60%3B%20you%20can%20also%20just%20pass%20%60Blur%60%20and%20it%20will%20try%20to%20use%20a%20reasonable%20default.%20More%20operations%20(and%20links%20to%20more%20detailed%20help)%20coming%20soon!%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20lesson_1_funcs%20%3D%20r%22%22%22%0A%20%20%20%20*%20Blur(10)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20*%20*Gaussian%20Blur%3B%20Number%20in%20parentheses%20equals%3A%20diameter%20(in%20pixels)%20of%20the%20smoothing%20kernel%20sigma*%0A%20%20%20%20*%20Rolling%20Ball(100)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20*%20*Rolling%20ball%20background%20subtraction%3B%20Number%20in%20parentheses%20equals%3A%20diameter%20(in%20pixels)%20of%20the%20ball%20to%20be%20rolled*%0A%20%20%20%20*%20Invert%0A%20%20%20%20%20%20%20%20*%20*Invert%20the%20image%20(best%20for%20grayscale%2C%20or%20after%20something%20like%20ridge%20enhancement*%0A%20%20%20%20*%20PowerTranform(1)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20*%20*Multiply%20the%20image%20by%20an%20exponent%20-%20an%20exponent%20value%20of%20%3E1%20will%20make%20the%20brightest%20and%20dimmest%20pixel%20be%20proportionately%20farther%20from%20each%20other%20(but%20all%20at%20lower%20absolute%20numbers)%3B%20conversely%2C%20an%20exponent%20of%20%3C1%20will%20decrease%20the%20fold-change%20between%20foreground%20and%20background%20but%20will%20make%20the%20numbers%20higher.%20A%20value%20of%201%20will%20do%20nothing!*%0A%20%20%20%20*%20Tophat(5)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20*%20*Enhance%20round-ish%20things%20of%20the%20diameter%20passed%20in%20-%20remove%20anything%20larger%20than%20that%20diameter%2C%20approximately.*%0A%20%20%20%20*%20Ridge(5)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20*%20*Enhance%20anything%20vaguely%20tube-like*%0A%20%20%20%20*%20TextureTransform(5)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20*%20*Enhance%20areas%20with%20textures%20of%20a%20particular%20size.%20See%20how%20it%20performs%20on%20an%20inverted%20(vs%20not)%20image!*%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20mo.accordion(%7B%22See%20the%20list%20of%20options%22%3Amo.md(lesson_1_funcs)%7D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%23%23%20Let's%20get%20filtering!%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20imfunctions%20%3D%20mo.ui.anywidget(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20wigglystuff.SortableList(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Blur(2)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Rolling%20Ball(50)%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2Caddable%3DTrue%2C%20removable%3DTrue%2C%20editable%3DTrue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20imfunctions%0A%0A%20%20%20%20%23TODO%20-%20maybe%20also%20add%20switch%2Fbutton%20for%20%22update%20image%20live%22%2C%20if%20this%20becomes%20slow%0A%20%20%20%20%23TODO%20-%20also%20maybe%20a%20clear%20cache%20button%2C%20if%20eventually%20figure%20that%20out%0A%20%20%20%20%23TODO%20-%20%22Clear%20all%22%20button%0A%20%20%20%20%23TODO%20-%20%22Generate%20Suggested%22%20button%20(once%20we%20can%20add%20a%20few%20different%20images)%0A%20%20%20%20return%20(imfunctions%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Behold%2C%20a%20Processed%20Image!%0A%0A%20%20%20%20**How%20close%20did%20you%20get%20to%20%22the%20thing%20I%20care%20about%20is%20bright%2C%20and%20everything%20else%20is%20dark%3F%22**%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(imfunctions%2C%20processed_image)%3A%0A%20%20%20%20processed_image.parse_vals(imfunctions.value%5B%22value%22%5D)%0A%20%20%20%20to_show%20%3D%20processed_image.im%0A%20%20%20%20mo.image(to_show)%0A%20%20%20%20return%20(to_show%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20What%20happens%20now%20if%20we%20try%20to%20segment%20from%20this%20image%3F%0A%0A%20%20%20%20For%20now%2C%20we'll%20just%20do%20a%20simple%20thresholding%20and%20treat%20all%20connected%20components%20as%20part%20of%20the%20same%20object.%20We'll%20talk%20about%20more%20advanced%20options%20soon!%0A%0A%20%20%20%20Note%20that%20many%20of%20these%20thresholding%20methods%20also%20have%20tunable%20parameters%3B%20for%20now%2C%20we'll%20just%20keep%20them%20using%20their%20defaults.%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20thresholding_options%20%3D%20%7B%22Li%22%3Askimage.filters.threshold_li%2C%20%22Otsu%22%3Askimage.filters.threshold_otsu%2C%20%22Sauvola%22%3Askimage.filters.threshold_sauvola%7D%0A%0A%20%20%20%20possible_thresholds%20%3D%20list(thresholding_options.keys())%0A%20%20%20%20threshold%20%3D%20mo.ui.dropdown(label%3D%22Pick%20a%20thresholding%20method%22%2Coptions%3Dpossible_thresholds%2Cvalue%3Dpossible_thresholds%5B0%5D)%0A%20%20%20%20clear_edges%20%3D%20mo.ui.checkbox(label%3D%22Remove%20objects%20that%20touch%20the%20edge%3F%22)%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5Bthreshold%2Cclear_edges%5D)%0A%20%20%20%20return%20clear_edges%2C%20threshold%2C%20thresholding_options%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(clear_edges%2C%20processed_image%2C%20threshold%2C%20thresholding_options%2C%20to_show)%3A%0A%20%20%20%20%23Why%20aren't%20we%20making%20it%20part%20of%20the%20class%3F%20Because%20it%20doesn't%20respond%20to%20changes%20in%20.im%0A%0A%20%20%20%20def%20threshold_and_label(processed_image%2C%20raw_image%2C%20thresh_dict%2C%20threshold_name%2C%20do_clear_edges%2C%20size_range)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20to_label%20%3D%20processed_image%20%3E%20thresh_dict%5Bthreshold_name%5D(processed_image)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20do_clear_edges%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20to_label%20%3D%20skimage.segmentation.clear_border(to_label)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20labels%20%3D%20skimage.measure.label(to_label)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20skimage.color.label2rgb(labels%2Cimage%3Draw_image%2C%20bg_label%3D0)%0A%0A%20%20%20%20mo.image(threshold_and_label(to_show%2C%20processed_image.raw%2C%20thresholding_options%2Cthreshold.value%2Cclear_edges.value%2CFalse))%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A